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电影的大部分内容也是围绕陈轻舟和江子环之间的博弈展开的。
电影的故事发生在锦衣卫日渐式微之时。陈轻舟身为刑部主事，在整理案卷时发现了一桩显而易见却无人追索的冤案。他心怀匡扶正义的理想，故虽其人微言轻但依旧坚持要重查旧案，并在燕王的支持下努力追查。最后经他抽丝剥茧，江子环为保地位权力缔造数起冤案的真相才终于被揭露于天下。
锦衣卫作为侦缉官民言行设立的机构，在几起大案后，官吏民众对其无不心怀恐惧，因此变得不敢再犯任何错误，锦衣卫渐渐变得无错可纠，无利可图。故指挥使不惜屡造冤案，滥杀无辜，以向皇帝证明锦衣卫仍有存在的必要。