阿古柏的庞大汗国很快的就跟英俄两国缔结通商条约，又跟当时伊斯兰教教主苏丹所统治下的土耳其帝国，建立密切关系。
二百万平方公里的新疆，事实上已与中国脱离。
一八七三年，甘肃回变结束，陕甘总督左宗棠向中央要求收复新疆。
新疆这时脱离中国已经十年，分裂的形势已经形成，清政府高级官员对这个棘手问题，像对一颗病牙一样，小心翼翼，没有人敢去碰它。
如今左宗棠提出收复国土的严正主张，使他们不得不正视现实。
当权的高级官员分为两派，一派称海防派，以讨伐捻军的安徽兵团（淮军）首领李鸿章为主，认为中国的外患，来自海洋，所以主张加封阿古柏为国王，使他像朝鲜、越南一样，永作中国的藩属，也就是说，这一派主张把新疆放弃。
另一派称塞防派，以湖南兵团（湘军）首领左宗棠为主，他在给中央政府的报告上说：“保卫新疆就是保卫蒙古，保卫蒙古就是保卫北京。
”他和他的朋友主张必须收回新疆。
最后塞防派胜利，一八七六年，左宗棠的西征大军攻克乌鲁木齐，天山北路光复。
英国驻北京的公使乌亚德要求清政府允许阿古柏独立，以保持中亚的和平。
这时清政府已不敢再把外国当作夷狄，而且已逐渐生出一种恰恰相反的自卑感，对所有外国，尤其对英国，心怀畏惧。
连中国驻英公使，在当时思想最新最进步的郭嵩焘，也都同意这是一个妥善的办法，以免触怒英国。
但左宗棠竭力反对，他说：“英国爱护阿古柏如果出于真心，为什么不把印度割让给他？”明年（一八七七）左宗棠的西征大军越过高插云霄的天山山脉南下，阿古柏无力抵抗。
而浩罕王国在前一年已被俄国并吞，阿古柏也得不到外援，进退失据，就在库尔勒城服毒自尽。
他的儿子们跟四世纪大分裂时代后秦天王姚兴的儿子们一样，大敌当前
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