征讨太平天国的责任交给曾国藩的湖南兵团（湘军）用汉人打击汉人。
而由满洲兵团对付捻军，他们认为捻军比较脆弱。
一八六三年，张洛行被叛徒苗沛霖出卖，擒献给清政府以残暴闻名的剿匪总司令僧格林沁。
张洛行的侄儿张总愚继续作战，于两年后的一八六五年，即太平天国覆亡的次年，在曹州（山东菏泽）把僧格林沁击毙。
清政府最后一张王牌输掉了，不得不再依靠汉人，命曾国藩跟另一位也是民兵出身，被称为“淮军”（以安徽省人为主）领袖的李鸿章，乘消灭太平天国的余威，负责对付捻军。
一八六六年捻军被清军拦截，分为两支。
张总愚亲率一支进入陕西省，称为西捻。
另一领袖赖文光率领一支进入湖北省，称为东捻。
一八六七年，东捻挺进到扬州瓦窑铺（江苏江都）在清军云集下覆没。
明年（一八六八）西捻折回山东省，在在平县迷失道路，陷入黄河跟运河间的泥沼地带，也全军覆没。
捻军战争历时五十五年，而最后十六年辗转华中各地血战。
他们没有最高的政治指导原则，也没有崇高的理想，只盲目地攻击清军或被清军追逐，只能骚动，不能成功。
在中国的中部地区，即以甘肃兰州为中心的广大范围，跟太平军和捻军兴起的同时，则有伊斯兰教徒的叛变。
中部地区的伊斯兰教徒，跟西部地区（新疆省）的伊斯兰教徒，最大的差异是，西部的伊斯兰教徒大部分是维吾尔人，他们几乎全部保持固有的风俗和言语。
中部的伊斯兰教徒据说他们的祖先是阿拉伯人，于一千年前的八世纪唐王朝时，迁居中国，现在除了宗教信仰这一点之外，其他都已彻底华化，但在相貌上仍显露着阿拉伯血统，跟汉人比较起来，他们的鼻子较高，胡子较多。
中部伊斯兰教徒的行动分布三个地区：一云南省一八五五年，云南回民领
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