两年后（一六二一）后金汗国攻陷抚顺、辽阳、沈阳。
明政府任命熊廷弼担任辽东军区总指挥（辽东经略）而另任命王化贞担任辽东军区司令官（辽东巡抚）这是大黑暗时代最流行的双线领导制度，目的在互相牵制，防止叛变。
总指挥和司令官的权力和责任，很难划分，熊廷弼是继于谦之后中国最伟大的军事天才，他对领悟力较弱的蠢庸之辈，感到不能忍受，所以他的人缘不好，高高在上的那些官僚政客，尤其厌恶他，他的官位虽然理论上比王化贞稍高，但王化贞有国防部长（兵部尚书）作他强硬的靠山，所以熊廷弼指挥不了他，熊廷弼只有四千人的部队，驻防山海关（河北秦皇岛东北）王化贞则拥有重兵六万，驻在山海关之北二百四十公里的广宁（辽宁北宁）王化贞跟十一世纪的范仲淹一样，善于对内宣传，他宣称只要政府一声令下，他的大军立刻就可以把努尔哈赤一举荡平。
熊廷弼深知道边防军腐败已极，没有战斗力量，坚持主张采取守势，不可轻率挑战。
但王化贞壮烈的言词，和用克扣军饷行使贿赂，收到预期的效果，北京大多数重要官员都支持王化贞，一致抨击熊廷弼懦弱无能和刚愎自用。
问题是，努尔哈赤并不支持王化贞。
第二年（一六二二）当王化贞兴高采烈地招降纳叛，准备出击时，后金兵团先发制人，用闪电战术突击广宁（辽宁北宁）王化贞六万人覆没，只身逃走。
这次战役跟熊廷弼无关，但宦官巨头魏忠贤认为跟他有关就跟他有关了。
熊廷弼被逮捕下狱，三年后（一六二五）斩首。
熊廷弼死时，王化贞虽然也在监狱里，但他仍然活着，在大量贿赂下，高级官员继续支持他，并且有数万被雇佣的职业群众，在北京街头示威，为卓越的王化贞将军呼冤。
王化贞的失败，使明政府在东北的土地，即辽东军区，丧失了百分之九十九，山海关外，只剩下锦州（辽宁锦州）、松山（辽宁锦州
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