经过大小数十战，好不容易在与后赵帝国邻界地方建立一个据点，司马睿却派了一位亲信大臣当他的上司管辖他，祖逖忧郁而死。
当权人物如果自私无能，一定激起内变。
司马睿又猜忌镇守武昌（湖北鄂州）的大将王敦，引用另一批亲信大臣跟他抗衡。
王敦比祖逖的反应强烈十倍，因为他握有当时晋帝国最大的兵力。
于是，他起兵东下，宣称要肃清君主身旁的奸臣。
三二二年，攻陷建康，把司马睿所有的亲信大臣杀了个净光，但仍维持司马睿的帝位。
就在当年，司马睿一病而死，儿子司马绍继位。
三二四年，司马绍下诏讨伐王敦，王敦再起兵东下，这一次他决心取消司马家的统治。
但他没有上一次那么好的运气，在围攻建康（江苏南京）时，他病卒军营，军队溃散。
司马绍只当了三年皇帝，于三二五年逝世，他的五岁儿子司马衍继位，由二十余岁的年轻母亲庾太后抱着孩子听政，庾太后的兄长庾亮当宰相。
庾亮跟镇守历阳（安徽和县）的大将苏峻不睦，他下令征调苏峻当农林部长（大司农）在动乱的时代里，没有一个将领肯心甘情愿地放弃军权，苏峻不能例外。
他上报告说，宁愿调到北方边界青州（山东北部）与敌人作战。
庾亮硬是不准，苏峻遂起兵叛变。
三二八年，苏峻攻陷建康，庾亮逃走，他的妹妹庾太后自杀。
不过苏峻在不久之后的一次战役中，坐骑忽然跌倒，被勤王军射死，内战才告一段落。
晋帝国除了不断地打内战，还面临着另一个形势，即北方大批流亡客跟江南土著人士之间，发生严重的冲突。
这些流亡客大多数由一个家族集团或一个乡里集团组成，他们并不以逃难者自居，反而以征服者自居。
到达一个地方，立即着手开恳荒地，或借着政治力量，向土著的耕地侵蚀，
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